Pada 2006 Indonesia memiliki 50 Taman Nasional.
Bali dan Nusa Tenggara
- Taman Nasional Bali Barat
- Taman Nasional Gunung Rinjani
- Taman Nasional Kelimutu
- Taman Nasional Komodo
- Taman Nasional Manupeu Tanah Daru
- Taman Nasional Laiwangi Wanggameti
Jawa
- Taman Nasional Alas Purwo
- Taman Nasional Baluran
- Taman Nasional Bromo Tengger Semeru
- Taman Nasional Gunung Ciremai
- Taman Nasional Gede Pangrango
- Taman Nasional Gunung Halimun Salak
- Taman Nasional Gunung Merapi
- Taman Nasional Gunung Merbabu
- Taman Nasional Karimunjawa
- Taman Nasional Kepulauan Seribu
- Taman Nasional Meru Betiri
- Taman Nasional Ujung Kulon
Kalimantan
- Taman Nasional Betung Kerihun
- Taman Nasional Bukit Baka Bukit Raya
- Taman Nasional Danau Sentarum
- Taman Nasional Gunung Palung
- Taman Nasional Kayan Mentarang
- Taman Nasional Kutai
- Taman Nasional Sebangau
- Taman Nasional Tanjung Puting
Maluku dan Irian Jaya
- Taman Nasional Aketajawe-Lolobata
- Taman Nasional Lorentz
- Taman Nasional Manusela
- Taman Nasional Teluk Cenderawasih
- Taman Nasional Wasur
Sulawesi
- Taman Nasional Bantimurung - Bulusaraung
- Taman Nasional Bogani Nani Wartabone
- Taman Nasional Bunaken
- Taman Nasional Lore Lindu
- Taman Nasional Rawa Aopa Watumohai
- Taman Nasional Taka Bone Rate
- Taman Nasional Kepulauan Togean
- Taman Nasional Kepulauan Wakatobi
Sumatra
- Taman Nasional Batang Gadis
- Taman Nasional Berbak
- Taman Nasional Bukit Barisan Selatan
- Taman Nasional Bukit Duabelas
- Taman Nasional Bukit Tiga Puluh
- Taman Nasional Kerinci Seblat
- Taman Nasional Gunung Leuser
- Taman Nasional Sembilang
- Taman Nasional Siberut
- Taman Nasional Tesso Nilo
- Taman Nasional Way Kambas
